Sekitar sepekan lalu, Gus Dur jatuh sakit saat sedang bersilaturahim ke beberapa pondok pesantren di Jawa Timur. Saat itu, Gus Dur langsung dirawat di RS Jombang sebelum dibawa ke RSCM. Berangsur membaik, Gus Dur sempat mengajak Erman Suparno (mantan Menakertrans yang juga politisi dari PKB) dan beberapa sejawat untuk menjenguk Kantor PBNU di Jakarta pada Ahad (27/12/09). Entah kenapa, Erman saat itu berfirasat bahwa kunjungan tersebut adalah kunjungan terakhir Gus Dur ke PBNU. Gus Dur pun masih berceloteh dan mengatakan akan menjalani operasi gigi pada keesokan harinya. Namun, Allah swt memanggil cucu K.H. Hasyim Asy'ari itu pada Rabu petang.

Presiden keempat Indonesia, K.H. Abdurrahman Wahid atau yang lebih dikenal dengan Gus Dur tutup usia pada Rabu (30/12/09) pukul 18.45 petang di RS Cipto Mangunkusumo. Setelah sempat disemayamkan di kediamannya di Warung Sila, Ciganjur, jenazah Gus Dur pagi ini diterbangkan ke Jombang pagi ini untuk dimakamkan.

Sebelumnya, Presiden SBY sempat menjenguk Gus Dur menjelang detik-detik sakaratul maut. Presiden datang sekitar pukul 18.30 disusul oleh Menkes Endang Sedyaningsih. Gus Dur dirawat di ruang VVIP nomor 116 Gedung A RSCM. Sekitar 15 menit kemudian, Gus Dur menghembuskan nafas terakhir.